МІНІСТЕРСТВО АГЕНСТВО ДО ОСВІТИ
СТАВРОПОЛЬСЬКИЙ ДЕРЖАВНИЙ УНІВЕРСИТЕТ
РЕФЕРАТ
ТЕМА:
Теоретичні основи використання комп'ютерних програм в біології
Виконала: аспірантка 1 року навчання
Бороздіна І.Б.
Ставрополь, 2009
Зміст
Введення
Глава I. Теоретичні основи вивчення комп'ютерних програм, які використовуються для написання наукових робіт з біології
1.1 Програмне забезпечення для аналізу в медицині та біології BioVision
1.2 Можливості Office Excel 2007
Глава II. Експериментальна робота по використанню комп'ютерної програми з біології
Висновок
Література
Введення
Актуальність дослідження. Проблема вивчення комп'ютерних програм, що використовуються в біології є необхідною умовою для написання наукових робіт з мікробіології. Сучасний світ важко уявити без комп'ютерної техніки. Широке поширення комп'ютерів призвело до можливості їх використання у всіх сферах життя суспільства. У сучасних умовах зростання наукового знання в області комп'ютерних технологій привів до використання їх в різних галузях науки і техніки. Основним напрямком використання обчислювальної техніки є застосування так званих В«офіснихВ» пакетів прикладних програм, що містять різноманітні засоби для роботи з документами. Вони дозволяють швидко і якісно підготувати документи, використовуючи найсучасніші засоби, працювати з електронними таблицями і презентаціями, базами даних. Найбільш поширеним пакетом на сьогоднішній день є пакет Microsoft Office, Office Exсel 2007, Office Power Point 2007. BioVision є новим поколінням програмного забезпечення для аналізу мікроскопічних зображень, упрощающий дослідникам процедуру аналізу.
Ці комп'ютерні програми мною будуть використовуватися при підготовці доповідей, рефератів, виступів, публікацій в навчальних закладах, а також при написанні дисертації, оскільки вони дозволяють легко дотриматися всіх вимог, пропонованими до оформлення документів і роблять їх більш презентабельними. Цим і визначається актуальність даного дослідження.
Мета дослідження:
В· виявити та науково обгрунтувати практичне значення, цінності комп'ютерних програм з біології.
Завдання:
В· проаналізувати теоретичний матеріал з проблеми дослідження;
В· виявити практичну значущість використання комп'ютерних програм з біології для написання дисертаційних робіт.
Глава I. Теоретичні основи вивчення комп'ютерних програм, які використовуються для написання наукових робіт з біології 1.1 Програмне забезпечення для аналізу в медицині та біології BioVision
BioVision - нове покоління програмного забезпечення для аналізу мікроскопічних зображень, спрощує дослідникам процедуру аналізу. Програма розроблена для систем MS Windows 98/NT/2000/XP. Гнучка система, адаптована до різних картах захоплення зображення, камерам і мікроскопам. BioVision підтримує наступні формати зображення: кольорове RGB (24 bit), у відтінках сірого (8 bit) і чорно-біле. А також програма підтримує більшість основних форматів зображень, таких як BMP, JPEG, TIFF, PNG та ін Захоплення і запис зображення мікроскопічного препарату, збереження в потрібному форматі, редагування для кращої якості картинки з використанням рутинних і спеціальних фільтрів. Редагування для поліпшення якості зображення з використанням рутинних і спеціальних фільтрів.
Створені програмою графіки, таблиці розрахунків відображаються на моніторі і можуть бути швидко передані в інші, засновані на MS Windows програми, наприклад MS Word, Excel і т. д. для створення звітів та презентацій. Графіки і таблиці з результатами аналізу зберігаються в звіті з подальшою архівацією в базі даних. Вбудований редактор звіту. Гнучка система для управління базою даних.
Основні можливості ПЗ BioVision:
В· Захоплення зображень препаратів, відкриття з файлу, копіювання з буфера;
В· Перетворення і редагування зображень;
В· Ручне і автоматичне виділення цікавлять об'єктів;
В· Вимірювання розмірів, форми, положення, оптичних параметрів виділених об'єктів;
В· Класифікація об'єктів і статистична обробка результатів вимірювань;
В· Передача даних в MS Excel для додаткових перерахунків;
В· Збереження і друк зображень і результатів аналізу;
В· Можливість роботи в одній з методик автоматичного аналізу: вимір, зернистість, підрахунок, сегментація, денситометрія, фазовий аналіз, вузли, пористість, товщина покриття, щільність об'єктів;
В· Створення нових методик (макросів) для автоматизації виконання рутинного аналізу;
В· База даних для зображень і результатів аналізу;
В· Редактор звітів.
BioVision включає передвстановлені методики
В· Виділення об'єктів;
В· Вимірювання об'єктів (довжина, кут, периметр, площа та ін);
В· Підрахунок об'єктів;
В· Класифікація об'єктів;
В· Щільність об'єктів;
В· Фазовий аналіз (сегментація об'єктів по гістограмі);
В· Товщина покриття (пошарове вимір об'єктів).
Об'ємна частка
В· Виділення, вимір і оцінка відсотка площі зображення, відрізняються по яскравості або кольору.
морфометрія
В· Морфологічні операції для виділення, перетворення об'єктів;
Підрахунок і класифікація
В· Ідентифікація об'єктів на зображенні (користувачем або автоматично), їх підрахунок, отримання класифікації за встановленими користувачем критеріями.
Вимірювання частинок
В· Автоматичне і ручне вимір лінійних і оптичних параметрів частинок.
Створення звіту
В· Створення звіту в програмі з оригінальним зображенням і таблицями результатів вимірювань.
В· Експорт в текстовий редактор Word або Excel.
Приклади використання:
В· Наукові біологічні й медичні дослідження: ентомологія, гістологія, цитологія, мікробіологія, ембріологія, мікологія, паразитологія, флюоресцентна мікроскопія;
В· Різне: екологічні дослідження, дослідження грунту і т.д.
Програма Bio Vision може бути встановлена ​​на будь-якому персональному комп'ютері і може використовуватися з біологічними мікроскопами для досліджень в медицині та біології, а також з індустріальними мікроскопами і Стереомікроскоп для дослідження в промисловості.
Панель інструментів
Використання панелі інструментів полегшує пошук і використання потрібних команд. Програма BioVision поставляється з набором вихідних панелей. Панель інструментів не дублює Текстове меню, і частина операцій може бути обрана тільки через Текстове меню або тільки за допомогою панелі інструментів.
Текстове меню
Текстове меню знаходиться під заголовком вікна програми (див. рис. 1) і містить назви команд. У програмі BioVision при наявності на екрані вікна документа текстове меню складається з пунктів: File (Файл), Capture (Захоплення зображення), Edit (Редакція), View (Перегляд), Image (Зображення), Annotation (Анотація), Filters (Фільтри), Enhancement (Спеціальні фільтри), Morphological Operations (Операції), Effects (Ефекти), Measurements (Вимірювання), Reports (Звіти), Window (Вікно), Help (Допомога). Кожен з цих пунктів містить список команд. Кількість команд в цих списках залежить від того, відкрито Чи в програмі зображення. Деякі команди текстового меню санів доступні тільки після виконання якого-небудь дії (наприклад, команда В«Виміряти маски В» стає доступною тільки після виділення масок об'єктів). Потрібний пункт меню може бути вибраний як мишею, так і за допомогою клавіатури. Для цього потрібно натиснути клавішу Alt і відповідну підкреслену букву (наприклад, для виклику Capture потрібно натиснути Alt + С, для Measurements - Alt + M), а потім пересу...
